La CIA toma control de un FMI completamente disuelto, ya que los métodos de nuestro equipo de protagonistas no es el correcto. William Brandt (Jeremy Renner) se une a la CIA, Benji Dunn (Simon Pegg) termina sentado en un escritorio haciendo trabajos de oficina, Luther Stickell (Ving Rhames) renuncia y Ethan Hunt (Tom Cruise) escapa. Mientras es perseguido por agencia de inteligencia americana debe tratar de detener al “Sindicato”.