Autómata está ambientada treinta años en el futuro. La Tierra se encuentra en un proceso gradual de desertificación mientras que la humanidad lucha para sobrevivir en un medio ambiente cada vez más deteriorado. El descenso de la civilización contrasta con el surgimiento de ROC (Robotics Corporation), una millonaria corporación que lanza el primer androide, el Automata Pilgrim 7000, diseñado para asistir a la sociedad durante el difícil momento que atraviesa. Jacq Vaucan, un agente de seguros de ROC, se encuentra en una investigación de rutina que involucra quejas sobre un androide defectuoso. Dicha investigación lo llevará a descubrir el secreto detrás del Automata Pilgrim 7000, algo que traerá graves consecuencias para el futuro de la humanidad.