Cuando 9 abre sus ojos por primera vez se encuentra con un mundo desolado en el que los humanos no son más que un lejano recuerdo. En su lugar se encuentra con una pequeña comunidad de “criaturas” como él, refugiados, escondidos de las feroces máquinas que parecen empeñadas en acabar con ellos. Así, pese a ser un neófito en el grupo, 9 tratará de convencer a los otros de que ocultarse no es la solución y que la única forma de sobrevivir es tomar la iniciativa para descubrir el motivo por el que las máquinas quieren destruirles en primer lugar. Pronto descubrirán que el futuro de la civilización puede depender de ellos.