Cuando la tripulación del Enterprise es convocada a regresar a casa, encuentran que una imparable fuerza de terror, surgida desde la misma organización, ha detonado a la flota y todo lo que ella representa, dejando nuestro mundo en un estado de crisis. Con un objetivo personal claro, el Capitán Kirk lidera una cacería por un mundo en guerra con el fin de capturar a un hombre y su arma de destrucción masiva. Mientras nuestros héroes son propulsados en un épico juego de ajedrez de vida y muerte, el amor será desafiado, las amistades se destruirán y sacrificios deberán ser asumidos por la única familia que a Kirk le queda: su tripulación.